חכם יעקב אָבֶּנדָנָה (אבן דאנה), נולד לאמו ולאביו יוסף אבנדנה, בשנת ש"ץ (1630) באמסטרדם, שבהולנד.
גדל בתורה וביראה, ולמד בבית המדרש לרבנים 'דה-לוס פינטוס' בעיר רוטרדם שבהולנד. בשנת תט"ו (1655), בגיל 25, החל לשמש מורה צדק באמשטרדם. בשנה זו, נשא נאום לזכרם של יהודים אנוסים מהעיר קורדובה שבספרד, ששמרו על יהדותם בסתר, נתגלו והועלו על המוקד.
בתקופה זו, הצליח להביא לדפוס כמה כתבי-יד יהודים נדירים, ביחד עם אחיו, החכם, הרופא יצחק אבנדנה. בתוכם הספר 'מכלל יופי' שחיבר רבי שלמה אבן-מלך, אליו הוסיף חכם יעקב אבנדנה ביאורים משלו בשם 'לקט שכחה', והוציאם לאור באמסטרדם בשנת ת"ך (1660).
חכם יעקב אבנדנה היה בקשרים עם מלומדים נוצרים, עם אחד מהם, אנטון הולסיוס, נפגש חכם יעקב אבנדנה בעיר ליידן בהולנד. השניים התכתבו והתווכחו במשך כשנה, במהלכן נישא המלומד הנוצרי לשכנע את חכם יעקב אבנדנה להתנצר. בשנת תכ"ג (1663) הוציא לאור אנטון הולסיוס ספר, ובו תוכן הדיונים ביניהם, וחכם יעקב אבנדנה הוציא לאור תרגום לספרדית של הספר 'הכוזרי של רבי יהודה הלוי.
בשנת ת"ם (1680), לאחר פטירתו של חכם יהושע די-סילוה, חכם יעקב אָבֶּנדָנָה נקרא לשמש רבה של לונדון, ושימש למעשה כרב הראשי של יהדות אנגליה, וכנציגה בפני השלטונות.
חכם יעקב אבנדנה היה חשוך ילדים. הוא השאיר בכתב-יד, תרגום של שישה סדרי משנה לספרדית.
חכם יעקב אבנדנה נפטר ביום ג' בתשרי תנ"ו (1695), ומנוחתו כבוד בבית הקברות 'וולהוֹ' שבמייל-אנד,