חכם יצחק אבוהב דה-פונסקה נולד לאימו איזאבל ולאביו דוד בשנת שס"ה (1605) בקשטרו דיירה שבפורטוגל.
עד גיל 7 גדל במשפחת אנוסים תחת איום האינקוויזיציה, ובשנת שע"ב (1612) נמלטה משפחתו מפורטוגל, והתיישבה בעיר אמסטרדם. באותה שנה מת אביו, ואמו גידלה אותו לבדה. בשם משפחתו הוא נושא את שם משפחת אביו אבוהב ושם משפחת אימו דה-פונסקה.
ראשית תורתו למד מפי רבו, חכם יצחק עוזיאל, שהגיע לאמסטרדם מהעיר בפאס, והיה לרב קהילת 'נווה שלום' בעיר. בשנת ש"פ (1620) החל ללמוד קבלה מפי החכם אברהם הכהן דה-הירירה מוונציה, שהתיישב בעיר.
חכם יצחק אבוהב דה-פונסקה נשא לאישה את אסתר, ונולדו להם שלושה ילדים: דוד, אברהם ויהודית.
בשנת שפ"ו (1626), הוסמך לרבנות והחל לשמש כרב קהילת 'בית ישראל'. בשנת שצ"ה (1635) על רקע שאלת האנוסים, פרצה מחלוקת בינו לבין לחכם שאול הלוי מורטירה, ראש ישיבת 'עץ חיים': האם ישראל שחטא בעבירות חמורות, נפשו נכרתת לעד. לחיזוק עמדתו ש'לא ידח ממנו נידח', חיבר את ספרו 'מחברת נשמת חיים'.
בשנת שצ"ח (1638), אוחדו שלוש הקהילות הספרדיות באמסטרדם לקהילת 'תלמוד תורה'. חכם שאול הלוי מורטירה מונה לרב הקהל, ואב בית הדין, וחכם יצחק אבוהב דה-פונסקה מונה לדיין בבית דינו, וכאחד מסגניו.
בשנת ת"א (1641) חכם יצחק אבוהב דה-פונסקה עבר לעיר רסיפה בצפון-מזרח ברזיל, שהיתה בשליטת הולנד, לשמש רב הקהילה היהודית, שצמחה שם, בעקבות סחר בסוכר וטבק. בשנת תי"ד (1654), בעקבות כיבוש העיר בידי הפורטוגלים, ברח יחד עם קהילתו בחזרה לאמסטרדם, ועם חזרתו הושבה לו משרתו.
בשנת תט"ו (1655) תרגם מספרדית והוציא לאור את ספרי הקבלה של מורו, החכם אברהם הכהן דה-הירירה: 'בית א-לוהים' ו'שער השמיים'. בשנת ת"כ (1660), לאחר פטירתו של חכם שאול הלוי מורטירה, מונה לרבה של אמסטרדם. בין פעולותיו הרבות, היה הקמת בית כנסת הפורטוגזי החדש, שנחנך בשנת תל"ה (1675).
חכם יצחק אבוהב דה-פונסקה היה פוסק הלכה ומקובל, דרשן בחסד, בקי בכמה שפות, ובחכמות הכלליות. בבית הכנסת אירח בכבוד גדול שועי עולם, ובתוכם נסיך טוסקנה, ומלך אנגליה ויליאם השלישי. הוא היה בעל כישרון מיוחד בשירה, והיה מנגן בנבל. באחרית ימיו יצא לאור חיבורו בספרדית 'פאראפרזיס' - חידושים על התורה.
חכם יצחק אבוהב דה-פונסקה נפטר ביום כ"ז באדר ב' תנ"ג (1693), ומנוחתו כבוד בבית החיים באודרקרק.
חיבורו 'מחברת נשמת חיים', שעמד בכתב יד, יחד עם כתבים נוספים שלו, שעמדו בגניזה בעיר רסיפה בברזיל, יצא לאור ע"י חכם יוסף דוד ויטמן, שליח חב"ד בסן פאולו, בשני כרכים, בשנת תשס"ז (2007) ותשע"ה (2015).