חכם ישראל יעקב חגיז נולד לאימו שרה ולאביו חכם שמואל בשנת ש"פ (1620) בפס שבמרוקו.
בצעירותו עבר לאיטליה, ושהה בוורונה. בשנת תי"ב (1652) עבר לליוורנו, שם התיידד עם הגביר יעקב ויגה ואחיו אברהם ישראל ויגה. חכם ישראל יעקב חגיז שיתף אותם בחזונו להקים ישיבת חכמים מעולים בירושלים. ישיבת "הסגר", שתספק את כל צורכי הלומדים, כך שלא יאלצו לצאת מחוץ לישיבה.
בשנת תט"ו (1655) יצא מליוורנו, בדרכו עבר בערי תורכיה כדי לעורר החכמים לעלות עימו לירושלים. בשנת תי"ח (1658) הגיע לירושלים, והקים את ישיבתו 'בית יעקב' (ויגה), אליה נקבצו 87 חכמים מכל רחבי האימפריה העות'מאנית. 'חכמי ישיבת ההסגר' השיבו לשאלות בהלכה מכל רחבי העולם. בין חכמיה הידועים: חכם חיים אבולעפיה, חתנו הראשון לציון חכם משה בן חביב, חכם יעקב מולכו, חכם יצחק בוטון, וחכם חזקיהו דה-סילווה.
בירושלים פגש את חכם משה גלנטי, ונשא לאישה את בתו, לאחר שאשתו הראשונה נפטרה. בשנת תכ"ד (1664) נבחר חכם משה גלנטי כ'ראשון לציון' הראשון בירושלים, וחכם ישראל יעקב חגיז המשיך לעמוד בראש הישיבה.
בשנת תכ"ה (1665) הגיע לירושלים שבתי צבי, פגש את נתן העזתי, שהיה מתלמידי 'בית יעקב', והכריז על עצמו משיח. חכם ישראל יעקב חגיז, והראשון לציון, חכם משה גלנטי, יצאו נגדם, ואילצו אותם לעזוב את העיר.
בשנת תל"ג (1673), חכם ישראל יעקב חגיז יצא לעיר קושטא, שם נפטר בשנת תל"ד (1674). אין אנו יודעים את יום פטירתו, אנו מציינים אותו ביום ז' באדר, שכל נשמות חכמי ישראל כלולות בנשמת משה רבינו.
חכם ישראל יעקב חגיז כתב חיבורים רבים. הנודע בספריו הוא 'הלכות קטנות' - שו"ת, 'עץ חיים' - על המשנה, 'זיכרון לבני ישראל', 'שפת אמת', 'אורח מישור', 'פתיל תכלת' - פירוש לאזהרות לחכם שלמה אבן גבירול, 'תחילת חכמה' - פירוש על ספר כריתות לחכם שמשון מקינון (מבעלי התוספות), ו'קרבן מנחה'.