חכם ניסים חדאד נולד לאימו אסתר ולאביו חנאני בשנת תקצ"ט (1839) בעיר החוף נאבל בתוניסיה.
בשנת תר"ו (1845), בהיותו בן 6, נתייתם מהוריו, וגדל בית אחי אימו. ראשית תורתו למד מפי חכם אהרון הכהן עזרדי, ומשעשה חיל בלימודו, עבר לישיבת החכם חיים זיתון.
חכם ניסים חדאד נשא את מרים ונולדו להם ארבעה בנים ושלוש בנות. לפרנסתו עסק במסחר, וה' הצליח בידו. חנותו הייתה בית ועד לחכמים. הוא חידש והרחיב את בניין בית הכנסת הגדול בפאר רב.
בשנת תרל"ח (1878) עמדו כמה מאנשי העדה כנגד רב העיר, חכם יהודה בן יעקב חי אלגיז בטענה שהוא עוסק בקבלה מעשית. חכם ניסים חדאד עמד לימינו, עד יישוב המחלוקת בידי ראש הקהילה בתוניס משה שמאמא.
חכם ניסים חדאד נפטר ביום כ' באב בשנת תרס"ג (1901) לאחר שחש בליבו, והוא בן 57 שנה.
ספרו 'חן טוב למרי נפש', יצא לאור בשנת תש"ו (1946) בידי בנו חכם משה דוד חדאד.