חכם מרדכי שמואל גירונדי נולד לאמו ולאביו חכם בן-ציון אריה גירונדי, בשנת תקנ"ט (1799) בפאדובה באיטליה.
ראשית תורתו למד מפי אביו, שהיה מורה צדק ואב בית דין בעיר פאדובה, מפי החכם יצחק רפאל פינצי, והחכם שבתי אהרון חיים מאריני, והעמיק וגדל בלימוד מפי רבו החכם ישראל קוניאן, שנפטר בשנת תקפ"ד (1824).
חכם מרדכי שמואל גירונדי נשא לאישה את בתו של הרופא החכם רפאל לוצאטו, ונולד להם החכם אפרים רפאל.
בשנת תקע"ח (1817) הוציא לאור את ספרו הראשון 'תוכו רצוף אהבה' בענייני מוסר ודרך ארץ בעיר פיזה.
בשנת תקפ"ט (1829) חכם מרדכי שמואל גירונדי החל לשמש ראש אבות בתי הדין ושני בקודש בעיר פאדובה, ובשנת תקצ"א (1831), לאחר פטירתו של רב העיר, החכם אלישמע מאיר פדובני, נתמנה כרב העיר פאדובה.
חכם מרדכי שמואל גירונדי אסף ביגיעת שנים, שמות חכמי ישראל ותולדותם, שנעלמו מעיני כל חי כדי להוציאם מחשכה לאורה, להקים שם המת על מלאכתו, ולתת נחת רוח לנשמתו.
חכם מרדכי שמואל גירונדי נפטר בפתאומיות ביום י"ג טבת בשנת תרי"ב (1852)
ספרו 'תולדות גדולי ישראל וגאוני איטליה' יצא לאור לאחר מותו בידי בנו בשנת תרי"ג (1853) בעיר טריסטה. ספרו 'מירא דכיא' - חידושים בפרד"ס יצא לאור מכתב יד בשנת תשנ"ט (1999). חיבורים נוספים: 'יד מרדכי', 'ליקוטי שושנים' ו'קבוצת כסף' נשתמרו בדפוס ישן בכתב יהודי-ספרדי, המכונה כתב רש"י, חידושים נוספים ותשובותיו עומדים בכתב יד, כן נמצא ספר שולחן ערוך, שהיה ברשותו, ובשוליו פסקי הלכות בכתב ידו.