חכם שמואל עמאר נולד לאמו ולאביו חכם אהרון אלעזר בשנת תק"ץ (1830) במכנאס שבמרוקו.
ראשית תורתו למד מפי אחיו, חכם אברהם עמר, שהיה גדול ממנו ב18 שנה, והיה רב העיר מכנאס. אביו, שהיה מנכבדי העדה ומפרנסיה, בעל אחוזות אמיד ונדיב-לב, הקדיש את בניו אברהם יצחק ושמואל ללימוד התורה. עלו וגדלו להיות תלמידי חכמים, ומורי הוראה בישראל. בשנת תרט"ו (1855) החל לשמש כדיין וזכה לשני שולחנות, נוסף על תורתו, היה עשיר גדול. את עושרו חלק עם עניי עירו, ותרומותיו שלח ליישוב ארץ ישראל.
חכם שמואל עמאר נשא לאישה את אסתר בת אליעזר טובי, אך היא נפטרה בשנת תרי"ג (1853), זמן קצר לאחר נישואיהם. לאחר מכן נשא לאישה את רבקה בת חכם מרדכי טולידאנו, ונולדו להם בנם שלום וביתם מזל טוב. בשנת תרל"א (1871) נפטרה רבקה, וחכם שמואל עמאר נשא אישה את לונה טולידאנו ונולדה להם בתם זוהרה. לאחר מכן נשא לאישה את פריחה בת חכם לוי טולידאנו, ונולד להם בנם חכם רחמים שלמה.
בשנת תרל"א (1871), לאחר שנפטר אחיו, חכם אברהם עמאר, התבקש למלא מקומו ולשמש רב העיר מכנאס. בתחילה סירב לקל על עצמו את התפקיד, אך לאחר התערבות של החכם אבנר ישראל צרפתי, אב בית הדין בפאס, נעתר ושימש בתפקיד עד מותו. חכם שמואל עמאר, שהיה בקי בכל ענפי התורה, שלח ידו גם בשירה ובכתיבת פיוטים, ושירתו התפרסמה בעירו. בתקופתו התגברה ההתעוררות לעלות לארץ ישראל. חכם שמואל עמאר תמך בעולים, היה בקשר עימם, ועסק בחיזוק יישוב הארץ בערי הקודש: ירושלים, טבריה, צפת וחברון.
חכם שמואל עמאר נפטר ביום י"ח באלול תרמ"ט (1889) ונטמן בעירו מכנאס.
חיבורו 'דבר שמואל' - שו"ת, התפרסם בשנת ת"ש (1940) בקזבלנקה. חיבורו 'שמע שמואל' - דרושים, התפרסם בשנת תשנ"ז (1997) בירושלים. ליקוט תשובות, אוסף שיריו ופיוטיו, וכן מכתביו עדיין עומדים בכתב יד.