חכם יצחק הצרפתי נולד לאמו בת החכם יעקב אבן עטר ולאביו חכם וידאל בשנת שע"א (1611) בפאס במרוקו.
אביו, שעמד בראש בית דין בעיר פאס, נפטר בילדותו, ואמו פרנסה וגידלה אותו על ברכי התורה והיראה. משגדל נכנס ללמוד בישיבת החכם יצחק ששון. עד שנפטר רבו, כבר היה הולך ודורש ברבים, ונתמנה לדיין בבית דינו של חכם שאול שמואל סרירו, ראש החכמים בעיר פאס, יחד עם חכם סעדיה אבן דנאן (השלישי), שנתמנה לאב בית הדין בשנת תט"ו (1655) וחכם אברהם חאגיז.
בשנת ת"ב (1642) חכם יצחק צרפתי עמד בראש הקהילה היהודית בפאס, ונבחר לנגיד עליהם גם ע"י קהילת "המגורשים" וגם ע"י קהילת "התושבים". בתפקידו כ"נגיד" או בערבית "שייח' אל יהוד", עמד במסירות נפש בפני שליט פאס, להציל כל אחד מבני הקהילה, והיה אחראי על גביית המסים, המוטלים על היהודים.
בשנת ת"י (1650) מולאי מוחמד שריף, מייסד שושלת העלאווין מתאפילאלת, יצא למלחמה נגד שליט העיר פאס, ובשנת תי"ג (1653) תפס את השלטון. כל שנות המלחמה, סבלה הקהילה היהודית מעול מיסי המלחמה הכבדים. חכם יצחק צרפתי, שבא בדין ודברים, על עול המיסים הכבד, עם השליט החדש נתפס על ידו, הושלך לכלא, וכל רכושו הוחרם. לבסוף נפדה בכופר גדול על ידי הקהילה, ושב לתפקידו כנגיד.
חכם יצחק צרפתי עמד בראש ישיבה של תלמידי חכמים, והיה יושב ולומד עמם כל היום, אך היתה לו גם 'חברה של לילה', בה היה יושב ולומד עם 'בעלי בתים', המתפנים ללימודם בלילה. בשבתות היה דורש, בפני קהל רב, כל שבת שלישית. את חידושי תורתו ודרשותיו, איגד לספר אחד, 'תולדות יצחק', שנמצא בכתב יד.
חכם יצחק צרפתי נאסף לבית עולמו בשנת תכ"א (1661). יום פטירתו אינו ידוע לנו, אנו מציינים אותו ביום ז' באדר, שכל נשמות חכמי ישראל כלולות במשה רבינו.