אביו, שהיה אב בית הדין בחלב, וגם איש אמיד, סיפק לו כל צורכו כדי שיוכל לשקוד על תלמודו בלא טרדת הפרנסה. ואכן חכם רפאל קצין עשה חיל בלימודו, ועשה לו שם של תלמיד חכם בקיא חריף וגאון בתורה ובהלכה. ועד מות אביו בשנת תק"ץ (1830) הספיק לכתוב שלושה ספרים: 'לחם המערכת' - על חושן משפט, 'יין הרקח' - דרושים על התורה ו'תוקפו של רפאל' - על הספר 'תקפו כהן' לש"ך, הרב שבתי כהן.
לאחר מות אביו עזב את עירו חלב, והחל במסע נדודים. הוא הגיע לפרס, שם קיים פולמוס עם חכמי המוסלמים והנוצרים במעמד מוחמד שאה, השליט הקג'ארי של איראן. בשנת תר"ו (1846), הגיע לבגדאד, שם נשא אישה, ונולדה להם בת אחת. בשנת תר"ז (1847) מונה לחכם באשי של בגדאד כמינוי רשמי של האימפריה העות'מאנית. בשנת תר"ח (1848) הגיע לאיסטנבול, שם הוציא לאור את ספרו 'דרך חיים' - תשובות לספר 'נתיבות עולם' של המיסיונר האירי אלכסנדר מקול ואת האיגרת 'מגיד מצרים'. מאיסטנבול הגיע לאיזמיר שם התקבל בכבוד רב אצל החכם חיים פלאג'י, ובשנת תרט"ו (1855) פרסם את ספרו 'ליקוטי אמרים'. משם המשיך בנדודיו לארצות אירופה, ורק בשנת תרכ"ב (1862), שב לעירו חלב.
חכם רפאל קצין נפטר לבית עולמו בא' אדר תרל"א (1871), ומנוחתו כבוד בעירו חלב.
