אביו, חכם מארי יהודה בן אהרון נדאף, חסך מלחמו כדי לשלוח את בנו ללמוד תורה. מצד אימו הוא נכדו של החכם מארי יוסף בן יוסף קירואני. כשגדל למד בישיבת החכם מארי יחיא קאפח ובישיבת החכם מארי יחיא אל-אביץ'.
חכם מארי ראובן נדאף נשא לאשה את מרת שושנה לוי, בת שליח הציבור, החכם מארי יחיא מדינה.
בשנת תרפ"ד (1924) חכם מארי ראובן נדאף זכה ועלה לארץ ישראל, והתיישב בעיר תל-אביב. הוא שימש רב וחזן בית הכנסת של תלמידי החכם מארי יחיא קאפח בתל-אביב.
בשנת תש"ג (1943) עבר לשכונת מולדת, שהוקמה ע"י עולי תימן, ושימש רב השכונה.
בשנת תש"ח (1948), במאורעות הדמים, בדרך להקמת מדינת ישראל, נספו בתו מרים, ונכדתו.
בשנת תש"י (1950) מונה לחבר לשכת הרבנות, שעל יד המועצה הדתית חולון, ובשנת תשי"ב (1952) החל לשמש רב קהילת עולי תימן בחולון. תקופה קצרה שימש גם רב הספרדי של העיר, אך שר הדתות, החכם יעקב משה טולדאנו, העדיף שיתמקד בשירות קהילת עולי תימן, דבר שעורר מחאה בקרב תלמידיו, ושומעי לקחו.
חכם מארי ראובן נדאף היה מזוהה עם תנועת המזרחי, והיה חתום על אגרת להורים לרשום את ילדיהם לבתי הספר של התנועה. הוא נודע בדרשותיו והרצאותיו בבתי כנסת ובאירועים, ובשידוריו ב'קול ישראל'.
בשנת תשי"ט (1959) השתתף בכנס רבנים ועסקנים יוצאי תימן בה הוחלט על הקמת מועצת רבנים רוחנית ליהודי תימן. חכם ראובן נדאף נבחר לאחד משבעת חכמי הנהלת מועצה זו, שנקראה 'איגוד רבני יהודי תימן בישראל'. כן, היה חבר ב'אגודה להצלת גנזי תימן', שפעלה להוציא לאור את ספרי הקדמונים שכתבו חכמי תימן.
חכם מארי ראובן נדאף נפטר ביום כ"ה באלול תשל"ו (1976).
בשנת תשכ"ח (1978) יצא לאור בחולון, לאחר פטירתו, ספרו 'דודאי ראובן'.
