גדל במשפחת אנוסים. הוריו מתו בילדותו, והוא גדל בבית סבו, אברהם אבוהב, בנו של חכם יצחק מטולידו.
בשנת שמ"ה (1585) מילט נפשו לאיטליה, ושב בגלוי ליהדותו. הוא נע בין ערי איטליה, והתיישב בעיר פיזה.
בשנת שנ"ט (1597) עבר לעיר רג'ו אמיליה ולמד בישיבת חכם מנחם עזריה מפאנו. בהמשך עבר לאי קורפו, משם עבר לעיר פרארה, משם לעיר ספולטו. לבסוף התיישב בוונציה, שם שימש בקודש כחכם הקהילה הספרדית-פורטוגזית. בשנת שס"ג (1603) נשא דברים בפני מועצת השלטון הדוג'ה האיטלקי על נאמנותם של היהודים לארצות מושבם, על מנת לגול מעליהם עלילות אודות אי נאמנות למולדת.
בשנת שע"ה (1615) חכם עמנואל אבוהב החל לכתוב את חיבורו 'נומולוגיה' - סנגוריה על ההלכה המסורה. הספר נועד לסייע לאנוסים, המעוניינים לשוב ליהדות בגלוי. הוא סיים לחבר את ספרו רק כעבור עשר שנים.
בשנת שפ"ח (1628) זכה ועלה לארץ ישראל, והצטרף אל בתו גרסיה, שהחזיקה שתי ישיבות, בצפת ובירושלים. חכם עמנואל אבוהב נפטר זמן קצר, אחר הגעתו ארצה.
יום פטירתו אינו ידוע לנו. אנו מציינים אותו ביום א' בשבט שפ"ט (1629). יום בו שלחו חכמי קורפו אגרת לחכמי ירושלים, ובה הידיעה על עלייתו לארץ.
בשנת שפ"ט (1629) יצא לאור בשפה הספרדית באמסטרדם חיבורו: 'נומולוגיה או דרושים הלכתיים' - חיבור על אמיתות התורה שבעל פה ומסורת החכמים. בשנת תשנ"ז (1997) יצא לאור הספר בתרגום לעברית בידי משה אורפילי. חיבורים נוספים שחיבר: 'יסוד האמת' - על אמיתת התלמוד. וכן חיבור בשם 'מלכות הבינה'.
