חכם יוסף בן ג'וייא נולד לאמו ג'וייא ולאביו בעיר צפת. אביו נפטר בילדותו, ואמו גדלה וחינכה אותו, והוא קרוי על שמה ג'וייא, שפירושו אבן יקרה.
בשנת תק"ב (1742) יצא לאירופה בשליחות מצוה מטעם כוללות צפת יחד עם עמיתו החכם יום טוב סאבאן. הם סובבו בערי תורכיה, ונשאו ונתנו שם בהלכה עם גדולי הדור. חכם יוסף בן ג'וייא מוזכר בשו"ת 'דבר משה' לחכם חיים משה אמארילייו ובקונטרס 'בני יונה' לחכם יונה בן ריי, שהיה המרא דאתרא בקושטא.
בשנת תק"ד (1744) עברו מתורכיה לערי איטליה. בשהותם באנקונה נתחבבו על חכם משה חיים מורפורגו בנו של חכם שמשון מורפורגו בעל ה'שמש צדקה', ושליחותם עלתה יפה לטובת כוללות צפת. בשנת תק"ו (1746) שבו משליחותם דרך ליוורנו, והגיעו לעיר צפת בראשית חודש אייר.
בשנת תק"כ (1759), עקב רעידת האדמה בגליל, שהחריבה את העיר צפת, העתיק את מקום מגוריו לירושלים. עד מהרה נתוודע בין חכמי ירושלים כאחד החכמים המופלגים. בשנת תקכ"ח (1768) הוא חתם עם חכמי ירושלים על הסכמה לספר 'שער המים' לראשון לציון החכם משה מרדכי יוסף בכר מיוחס.
חכם יוסף בן ג'וייא חיבר ספר 'טל אורות', והוא חיבור רחב על ספר 'המרדכי' להלכות ברכות שבת וערובין ובענייני ט"ל מלאכות שבת, ותשובות בהלכה וקצת פירושים וחקירות על התורה. החיבור נדפס בסלוניקי אחר פטירתו בשנת תקנ"ה (1795) על ידי החכם חיים שלום מארגונאטו בעל ספר 'דרכי שלום'.
חכם יוסף אבן ג'וייא נפטר בירושלים ביום ג' מנחם אב תקכ"ח (1768).
The Jewish custom of eating candied fruit and cakes on the Sabbath and Festivals is a lovely one, and despite that they may have various designs on them, they [our predecessors] had no reservations concerning the prohibition of moheq [erasing]. We note that despite that they may have all kinds of decorations, they have no letters at all; since these shapes cannot be considered writing but resemble forms made by striking with a hammer, moheq does not apply, and they had no misgivings concerning the prohibition of erasure…
The rule that applies, despite that the letters or words may be made of the dough itself, and an adult may not break the cake on the Sabbath because of [the proscription of] moheq, being that it is nevertheless a Jewish custom to eat candied fruit and cakes on the Sabbath and on Festivals, it that it is [as valid as] Torah and is permitted a priori, and despite that they may have all kinds of shapes, one needn't worry at all about [transgressing] moheq.
Tal Orot, Section 1, p. 343, Or VaDerech Press, 1987, Jerusalem