חכם רפאל יעקב חקק נולד לאמו חביבה ולאביו יעקב בבגדאד.
אביו יעקב ייבֵּם את אשת אחיו המת בנימין, אך התברר שלאחר שנולדו להם ילדים, כל בן שנולד וקראו לו בנימין על שם האח המת, לא האריך ימים, ומת כעבור חודשים ספורים. בעצת הרבנים, הוחלט שהבעל המת מקנא לאשתו, ולא מעוניין שיקראו ילד על שמו, ולכן קבעו הרבנים שהילד שייוולד ייקרא רפאל, וכך יבוא לו מרפא והוא יישאר בחיים. וכך אכן היה לבן הנולד קראו רפאל והוא זכה להיות תלמיד חכם.
חכם רפאל יעקב חקק נשא לאישה את ויקטוריה, ונולדו להם בנים ובנות. לימים התגוררו בירושלים קרוב לישיבת 'פורת יוסף'. בתוך אחוזת ביתו הקצו חדר מיוחד למגורי הוריו יעקֹב וחביבה.
חכם רפאל יעקב חקק היה ממייסדי אגודת 'עושה חסד'.
בשנת תש"ל (1970) חכם יעקב רפאל חקק הדפיס את ספרו 'ליקוטי רפאל', בו ליקט מראשונים ואחרונים, והביא גם מאות משלים וסיפורים, על חמישה חומשי תורה והפטרות. הספר יצא גם במהדורת ברייל.
חכם רפאל יעקב חקק נפטר במוצאי שבת ה' בכסלו תשל"ו. (1976)
In the haphtarah of the Breishit Reading Portion, the prophet Isaiah says, "Listen, you who are deaf; You blind ones, look up and see! Who is so blind as My servant, So deaf as the messenger who I send? Who is so blind as the chosen one, So blind as the servant of the LORD?" The prophet uses these words to reprimand the righteous who are devoted to God and His Teachings but do not care about what goes on in town, acting as thought they were deaf to what goes on among the public, to whether they transgress or are just. They also, Heaven forbid, act as though they do not see, so as not to reprimand the public and mention their acts. It is insufficient that you be righteous for yourselves. You must also hear and see what goes on outside, and voice recommendations to repair and improve the situation within the public.
Likutei Raphael, p. 7, Yeshua Ben David Salem Publishing, Jerusalem 1985
1976-0