חכם יצחק אבולעפיה נולד לאמו ולאביו חכם משה אבולעפיה בשנת תק"ץ (1830), בדמשק שבסוריה.
הוא למד תורה בילדותו מפי אביו, ובהיותו נער עלה לארץ ישראל ללמוד תורה מסבו, הראשון לציון, חכם חיים ניסים אבולעפיה שהיה אז רב בעיר טבריה. לימים חכם יצחק אבולעפיה נעשה אחד מחכמי העיר טבריה, ונתבקש על ידי ראשי הקהילות בטבריה ובצפת לצאת כשליח דרבנן לקהילות ישראל בצפון אפריקה.
בשנת תרי"ז (1857) יצא לראשונה כשליח דרבנן, ובשנת תרכ"ב (1862) יצא בשנייה. במסעותיו שהה בתוניס, טריפולי ואלג'יר. שם קיבלוהו בכבוד רב, הוא נדרש לפסוק הלכה למעשה, ולתת הסכמתו לספרים שונים.
בשנת תרכ"ג (1863) חכם יצחק אבולעפיה חזר לטבריה, והמשיך בהוראת התורה יחד עם שאר חכמי העיר.
בשנת תרל"ג (1873) נתבקש על ידי חכמי דמשק לשרת בקודש ולהיות להם רב העיר. חכם יצחק אבולעפיה חזר לעיר הולדתו, ועמד בראש הקהילה, אותה הנהיג ביד רמה. לא פעם ביטל פסקי דין של חכמים אחרים, מחה בעוז נגד העשירים והעסקנים, אך עם זאת היה רך כקנה לעניים ולפשוטי העם, בהם נהג בחיבה יתירה. למרות התנגדות קצבי העיר, חכם יצחק אבולעפיה דאג לעניי עירו, וגזר להפחית את מחיר הבשר.
בשנת תרס"ט (1909) הרגיש חכם יצחק אבולעפיה שקיצו קרב, והוא השתוקק לחזור שוב לארץ ישראל למות ולהיקבר בה. בשנה זו עלה לארץ והתיישב בטבריה העיר בה התגדל בתורה.
ביום ט"ו באדר תר"ע (1910) שושן פורים, נפטר ונקבר בטבריה.
ספרו 'פני יצחק' הוא ספר שו"ת בן שישה חלקים, ובו מאות תשובות שהשיב משך עשרות שנים. ספריו נדפסו במשך השנים בערים שונות: ארם צובא, ליוורנו, איזמיר והחלק האחרון, שגם מכיל דרשות נדפס בירושלים.
Charity should be given anonymously, one should not boast about giving charity. A person who boasts will not only not be rewarded but, as we know, may be punished. We are not, however, concerned by arrogance when giving charity is publicized, since it leads to more charity being given; people learn from one another and then contribute wholeheartedly. Despite that the person doing so might be suspected of arrogance, since the purpose is, in the long run, excellent - in that the people increase their giving of charity - it is permissible.
Pnei Yitzhak, Sixth Volume, Sermon 3 for Shabbat Shuva, p. 14b, Jerusalem, 1903
1910-1830